17.5.2016 Шкендија го освои Купот на Македонија
Во финалниот меч кој се одигра на арената „Филип Втори“ фудбалерите на Шкендија го освоија Купот на Македонија откако во финалето го совладаа Работнички со 2-0 (1-0), и стигнаа до својот прв трофеј во третото финале.
Шкендија поведе уште во седмата минута со погодокот на Радески за 1-0. Работнички се закани преку Алтипармаковски и Галиќ, а Шкендија имаше можност да ја зголеми предноста преку Радески и Цуцули.
Во вториот дел од натпреварот исто како и во првиот, први се заканија фудбалерите на Шкендија преку Жуниор. Финишот на натпреварот му припадна на Работнички кој се обиде да дојде до израмнување, но имаше нереализирана шанса на Алтипармаковски, а најблиску до постигнување на гол беше Марковски. Фудбалерите на Работнички даваа сè од себе, но во 95-тата минута тимот од Тетово со одличен контранапад постигна гол кој ја донесе конечната победа во Купот на Македонија со 2-0.